Елена Кондакова была первой женщиной, совершившей длительный полёт в космос.
В 1985 году начала тренировки и изучение корабля "Союз ТМ". В отряд космонавтов СССР ее включили в 1989 году.
Её первый полёт в космос состоялся 4 октября 1994 года в составе экспедиции Союз ТМ-20, возвращение на Землю — 22 марта 1995 года после 5-месячного полёта на орбитальной станции "Мир".
Второй полёт Кондаковой — в качестве специалиста на американском корабле "Атлантис" в составе экспедиции STS-84 состоялся с 15 по 24 мая 1997 года по программе шестой стыковки с орбитальнйо станцией "Мир".
С 1980 года работала инженером 113-го отдела НПО "Энергия" (с 1994 года — Ракетно-космическая корпорация "Энергия" имени С. П. Королева), где была сотрудником Главной оперативной группы управления (ГОГУ). Занималась долгосрочным планированием полетов и тренировками персонала по работе в нештатных ситуациях, работала над выполнением научных проектов, экспериментов, проводила исследовательскую работу.
C 1989 по 1999 год в составе отряда космонавтов НПО "Энергия". Уволилась из РКК "Энергия" 30 декабря 1999 года в связи с избранием депутатом Государственной Думы. 27 марта 2012 года назначена торговым представителем РФ в Швейцарии.
С 1999 по 2993 год — депутат Государственной Думы РФ от партии "Отечество — вся Россия".
С 2003 по 2011 годы — депутат Государственнйо Думы РФ от партии "Единая Россия".
Герой Российской Федерации (1995).
награждена также медалью "За заслуги в освоении космоса"