Эрнст Теодорович Кренкель родился 11 (24) декабря 1903 года в Белостоке (Польша), в семье инспектора коммерческого училища.
В 1910 году вместе с семьёй переехал в Москву. Учился в частной реформаторской гимназии при швейцарской церкви.
В годы Первой мировой и гражданской войны вынужден был оставить учёбу и пойти в разнорабочие (в механической мастерской точил ножи для мясорубок, расклеивал афиши, батрачил у подмосковных садоводов).
В 1921 году с отличием окончил годичные курсы радиотелеграфистов. Работал на Люберецкой приёмной радиостанции.
Работал радистом на полярныйх станциях в Новой Земле, бухта Тихая и других.
Участник арктических экспедиций . После гибели "Челюскина" обеспечивал ралдиосвзь ледового лагеря О.Ю.Шмидта с материком. Позывной радиостанции "Челюскина" RAEM впоследствии был закреплён за Кренкелем в качестве его личного радиолюбительского позывного.
В 1935 году назначен начальником полярной станции на мысе Оловянном Северной Земли (в составе четырёх человек).
С 6 июня 1937 года по 15 марта 1938 года был радистом первой дрейфующей станции (позывной UPOL).
За участие в исследованиях Северного Ледовитого океана, проведенных во время дрейфа на льдине, он (как и его коллеги по дрейфу) получил в 1938 году степень доктора географических наук (без защиты диссертации) .
После дрейфа на станции "Северный полюс" работал начальником Управления полярных станций и связи Главсевморпути.
С 15 ноября 1968 года по 15 марта 1969 года Кренкель был начальником рейса научно-исследовательского судна ГУГМС "Профессор Зубов" из Ленинграда в Антарктиду.
Умер 8 декабря 1971 года. Похоронен в Москве, на Новодевичьем кладбище (7-й участок). Памятник на могиле символизирует вырывающийся из Северного полюса радиосигнал с позывным RAEM.
Герой Советского СОюза.
Депутат Верховного Совета.
Жил в Басманном районе.