Яков Лазаревич Авиновицкий родился 19 июля (по старому стилю) 1899 года в г. Вильно, Виленская губерния, Россия (ныне - Литва) в семье учителя. Еврей.
Отец - Лейзер Янкелевич Авиновицкий, учитель
Мать - Блюма-Лея Шмуэлевна Динес
Окончил начальное народное училище в 1913, затем специальные педагогические курсы в 1916, работал учителем.
С 1915 по 1918 состоял членом юношеской организации партии Бунд. Член РКП(б) с декабря 1918.
В РККА с 1919, участник Гражданской войны, заместитель председателя ЧК при комитете обороны Литовско-Белорусской республики. Заместитель военкома, потом военком газотехнических курсов, а по совместительству — военком Высшей школы военной маскировки с сентября 1919 до августа 1920. Затем до октября 1920 на Западном фронте военком инспекции военно-учебных заведений.
В 1921 году один из руководителей подавления антоновского восстания в Тамбовской губернии, затем комиссар химических курсов усовершенствования командного состава. Вероятно именно Авиновицкий руководил уничтожением крестьян отравляющими газами.
Окончил химические курсы усовершенствования командного состава в 1922 году, затем 2 курса экономического факультета Института им. К. Маркса в 1923.
С 1925 года первый начальник химических курсов усовершенствования командного состава РККА