Алексей Никифорович Рапота родился 27 февраля 1922 года в селе Апановка Тарановского района, что в ста километрах южнее казахстанского села Кустанай в Крестьянской семье.
В 1937 году закончил семь классов, а на следующий год поступил в Кустанайское педагогическое училище. Но в предвоенные грозовые годы ему стать преподавателем не довелось - до окончания училища он был призван в армию и направлен в Ташкентское авиационное училище.
В сентябре 1941 года в числе лучших курсантов он был досрочно выпущен из училища и в звании старшего сержанта направлен в формировавшееся в Фергане полк ночных бомбардировщиков. В ноябре 1941 года после нескольких тренировок полк был включён в состав Калининского фронта и с конца декабря 1941 года уже участвовал в боевых вылетах.
В середине 1943 года полк расформирован, а Рапота был назначен начальником штаба отдельной эскадрильи.
Войну закончил в звании капитана - советника при штабе 2-й смешаной чехословацкой авиационной дивизии.
После войны появилась вновь возможность взяться за учёбу. В 1955 году он закончил академию ВВС, а в 1963 году - Военную академию генерального штаба. Проходил службу на различных оперативных должностях.
С 1968 по 1970 год был старшим советником при штабе ВВС и ПВО Республики Куба. После возвращения на Родину был старшим преподавателем в Военной академии Генерального штаба, а в 1972 году возглавил вновь созданную кафедру ВВС и ПВО академии.
Умер 20 октября 2020 г. Похоронен на Троекуровском кладбище
