Главный престол нижнего храма освящён в честь вселенских учителей и святителей, придел в честь Флора и Лавра; верхний храм — во имя Святой Троицы.
Храм расположен в историческом районе Москвы, который раньше называли Кулишки. "Кулишки" (правильнее кулижки) — старинное русское слово, трактуемое различными источниками по разному. Среди вариантов значений можно найти и топкое, болотистое место и лес после порубки. Старинный район Кулишки был расположен в месте слияния Москвы-реки и Яузы. В настоящее время это район Солянки с прилегающими переулками до Яузского бульвара и набережной Яузы и вся территория бывшего Воспитательного дома
Рельеф местности здесь был очень живописный. В центре района возвышался холм, который пересекала речка Рачка (в XVIII веке она была спрятана в трубу).
Из истории:
В XV веке Великий князь Василий I построил здесь свой летний дворец с домовой церквью, освящённой во имя Святого князя Владимира, известный в настоящее время как Храм Святого Владимира Старых Садех. На склонах холма были разбиты знаменитые княжеские сады с роскошными фруктовыми деревьями. Рядом с садами были расположены государевы конюшни. На конном дворе была построена деревянная церковь во имя святых мучеников Флора и Лара, которых в народе почитали, как покровителей лошадей. После строительства по соседству с конюшнями загородного дома московского митрополита (в Трёхсвятительском переулке) к церкви Флора и Лавра пристроили домовый митрополичий храм во имя Трёх Святителей Вселенских.
В 14 веке великокняжеская усадьба была перенесена в село Рубцово-Покрвоское, в связи с тем, что юго-восточная часть Белого города стала активно заселяться. Церкви, располагавшиеся ранее в резиденциях, стали приходскими, при них образовались погосты. Сложившаяся в то время сеть улиц и переулков сохранилась до настоящего времени. Весь холм был назван "Ивановской горкой" в честь основанного здесь монастыря во имя Олждества Иоанна Предтечи.
В 1674 году на средства прихожан был выстроен новый каменный храм. Здание храма сделали двухэтажным, разместив колокольню на углу. На нижнем этаже расположили теплые приделы — Трёхсвятительский с юга и Флоролаврский с севера. Верхняя неотапливаемая часть храма была освящена в честь Святой Живоначальной Троицы.
Расположение церкви было очень удачным — на вершине Ивановской горки. Фасады храма украсили узорными наличниками и порталами, на верхний этаж вели высокие крыльца, расположенные в ряд апсиды тёплых приделов завершались крытыми лемехом главами.
Впоследствии в 18-19 веках здание храма несколько раз перестраивалось.
В 1927 году храм был закрыт большевиками, осквернён и разнграблен, его здание передали Мясницкой тюрьме. Церковные ценности были вывезены, исчезла местночтимая икона Богоматери "Прозрение очес". Здание храма обезглавили, снесли также и шатёр колокольни.
1930-36. Храм Трёх Святителей на Кулишках
В 1930-е годы здание было передано НКВД. После надстройки 4-го этажа здание храма было превращено в коммуналку.
В 1950-е годы была разрушена ограда.
В 1960-е годы здание использовалось под нужды различных контор. В это же время ВООПИиК начало его реставрацию. Архитектор-реставратор А. И. Окунев решил воссоздать первоначальный облик храма. Была восстановлена колокольня на углу, главы, декор фасадов 17 века. Сохранившаяся часть второй колокольни напоминает о поздних перестройках.
Начиная с 1987 года, в здании храма разместилась мультипликационная студия "Пилот".
В 1991 году была сформирована православная община храма, её возглавил протоиерей Владислав Свешников.
30 июня 1992 года здание храма было формально возвращено верующим. Мульипликаторы освободили здание через 4 года, когда для них было найдено новое помещение.
6 июля 1996 года в день празднования Владимирской иконы Божией Матери в верхнем храме во имя Живоначальной Троицы была отслужена первая Дитургия.
2 мая 2003 года была отслужена первая Божественная Литургия в нижнем храме, освящённом в честь Трёх Святителей Вселенских.
11 февраля 2010 гожа великое освящение храма совершил митрополит Волоколамский Иларион (Алфеев).
При храме действуют:
Московские Православные регентские курсы. Основатель — в 1989 году — и руководитель Евгений Кустовский.
Иконописная мастерская.
Школа православной семьи.
Воскресная школа.
В Храме Трёх Святителей был крещён композитор Александр Николаевич Скрябин, в ней же крестили сестру Ф.И.Тютчева (в обоих случаях несовершеннолетний будущий поэт был восприемником), а также отпевали его малолетнего брата.
Здесь венчался архитектор Пётр Барановский.
Кроме того, прихожанами Храма были:
Представители знати 17 века — Шуйские, Акинфовы, Глебовы.
В 18 веке — графы Толстые, граф Остерман, князья Волконские, Лопухины.
В 19 веке — московский архитектор Ф.К.Соколов, знаменитый зодчий А.Г.Григорьев, Усковы, Каразинкины, Крестовниковы.
Когда в конце 1920-х большевики закрывали храм, супруги Телешовы, Александо и Аделина Карзинкины первыми среди сплотившихся 600 прихожан поставили свои подписи на документах в защиту храма. Кроме того, отец и сын Карзинкины в разное время были старостами храма.